一般來說，寵物在獸醫評估與正確使用的前提下，長時間使用氧氣機並不一定會產生明顯副作用，但仍有幾個需要留意的地方。長時間供氧若流量過高，可能讓鼻腔與呼吸道黏膜變得乾燥，出現輕微咳嗽或呼吸聲改變；同時，氧氣能暫時改善喘與不適，若長期只依賴氧氣機而未同步治療心臟病或肺部疾病，可能掩蓋病情惡化的徵兆。此外，部分寵物在高氧環境下適應後，突然停止供氧會看起來更喘，這並非成癮，而是供氧方式需要調整。只要依獸醫建議控制流量與使用時數，採取間歇式供氧並維持設備清潔，長時間使用氧氣機多半是安全的輔助照護方式。